然当此释论传至格鲁派诸寺时,却於墨守宗喀巴学说之格鲁派上师们中间引起了巨大非议。据传拉萨三大寺甚至曾集合僧众,修大威德金刚「六十铁城」等威猛诛法及「心经回遮」等显密降伏法,大有必欲置其於死地之势。这充分反映出教法见地之差别所引起的门户之间的冲突、仇恨可以尖锐到何等程度。然而,不败尊者并没有被格鲁派之气势所吓倒,面对格鲁派上师的口诛笔伐,他坚持己见,沉著应战,最终赢得了对手们的敬重。首先就此论与不败尊者唇枪舌战的是一位名贾巴朵阿('Ja'pa mdo sngags)的格鲁派学者。他认定尊者所造智慧品释论多有不合理之处,故央巴珠活佛作中人,於一八七八至一八八零年间,与不败尊者大开法诤。辩诤时,双方各执己见,针锋相对,然未决胜负。随後,二人复应巴珠活佛之请,就贾巴朵阿所造《大圆满智慧总色》(rDzogs chen ye shes spyi yi gzugs)作辩论,这回不败尊者获胜。